曾益新指出，肿瘤干细胞（CSC）的存在被认为是肿瘤发生和复发的根源。在肿瘤放疗和化疗中，普通的肿瘤细胞对治疗是敏感的，容易被消灭，但肿瘤干细胞就像韭菜一样，割掉一茬又会长出一茬，不容易被摧毁，而且会继续产生新的肿瘤细胞。

　　学术界普遍认为，肿瘤干细胞来源于组织成体干细胞的恶性转化。在2004年香山科学会议上，曾益新首次提出肿瘤细胞的一个重要特点就是基因组不稳定。导致DNA损伤的治疗，会加剧肿瘤细胞业已存在的基因组不稳定性，加大产生肿瘤干细胞的可能性。他认为，由组织干细胞恶变产生的细胞可称为肿瘤干细胞，而由普通肿瘤细胞因为基因组不稳定而产生的细胞应称为"干细胞样肿瘤细胞"（SLCC）。

　　近年来，曾益新等利用华南肿瘤学国家重点实验室的平台，进行了深入研究。他们首先发现鼻咽癌中确实存在生长能力特强、能抗拒化疗和放疗的干细胞样肿瘤细胞（这一研究成果2006年发表于美国《癌症研究》杂志）。其后，他们把来源于单个普通肿瘤细胞的单细胞克隆，用紫外线照射，或用可导致DNA损伤的化疗药物进行处理，结果发现能明显诱导干细胞样肿瘤细胞的产生。一系列的研究提示，DNA损伤所引起的基因组不稳定性，是完全可以导致普通肿瘤细胞变成干细胞样肿瘤细胞的。研究人员指出，在肿瘤化疗中，DNA损伤剂有可能一方面消灭肿瘤细胞，另一方面加剧基因组不稳定性，诱导了普通肿瘤细胞演变成干细胞样肿瘤细胞。

　　曾益新指出，如果这一结果最终得到更多的实验室证实，那么肿瘤的治疗策略也要做出相应调整。研究人员需要重新评估肿瘤化疗的长期作用，特别是要谨慎对待DNA损伤剂的使用。